على الرغم من أن الماء النقي لا لون له , إلا أن مياه البحار و المحيطات تبدو في الطبيعة بألوان مختلفة . ففي البحار العميقة المفتوحة open oceansخاصة في العروض الوسطي و السفلى , كثيرا مل تظهر مياه البحر بالون الأزرق ,بينما تظهر مياه البحر الساحلية بالون الأخضر. و تتشكل مياه البحر بالون البني الذي يميل إلى الحمر ه أمام مصبات الأنهار الكبرى . و تختلف ألوان مياه البحر من مسطح مائي إلى آخر، أما تبعا لخصائص الطبيعية والكيميائية للمياه ، أو تبعا لنوع الكائنات البحرية التي تعيش فيها ، أو نتيجة لأثر كلاهما معا. ويمكن أن نلخص أهم العوامل التي تشكل مياه البحار بألوان مختلفة فيما يلي:
1. تغلغل أشعة الشمس الضوئية في مياه البحر ، واختلاف أنواعها تبعا لأعماق المياه. فتنتشر الأشعة الضوئية الحمراء بالمياه السطحية ، بينما تتغلغل الأشعة البرتغالية فالصفراء فالخضراء في مياه البحر شبة السطحية بالترتيب.
2. تنوع الموارد غير العضوية العالقة، وتلك المذابة بمياه البحر.
3. تكوين الشعاب المرجانية ببعض المسطحات المائية الضحلة فتضيف إلى مياه البحر اللونين الأزرق الداكن ، والأزرق الذي يميل إلى البياض.
4. تؤثر الطحالب البحرية في تشكيل ألوان مياه البحر، فقد تبين أن المياه البنية اللون التي تميل إلى الحمرة بكل من البحر الأحمر وبحر فرميليون Vermilion sea بخليج كاليفورنيا ، تعزي إلى انتشار الطحالب الحمراء المعروفة باسم Trichodesmium Erythraeum . كما تعمل الطحالب الأخرى المعروفة باسم انابينا Anabaena على صبغ مياه البحر باللون الأزرق الداكن .
5. تساهم كائنات الدياتوم Diatom و الدينوفلاجلاتس Dinoflaglates على تشكيل مياه البحر باللون الأخضر .
6. عندما تنتشر كائنات الكوكوليثوفورس Coccolithophoresبالمياه ، تعمل هذه الكائنات على انتشار الزبد الأبيض الذي يعد من أهم الدلائل على وجود أسراب السردين بالمياه. أما إذا قل انتشار كائنات الفيتوبلانكتون و الزوبلانكتون بمياه البحر ، فتتشكل مياه البحر باللون الأزرق الصافِ ، كما هو الحال في بحر سرجاسو Saragasso Sea ولذلك يقال أن المياه الزرقاء هي من خصائص المياه الصحراوية القاحلة بالبحر Blue is the desert colour of the sea وقد ساهمت كائنات الزوبلانكتون والفيتوبلانكتون على تشكيل ألوان المياه السطحية ببحر الشمال، وميزت بين لون مياه كل من نصفيه الشمالي والجنوبي .